中医康复理疗师证是由国家卫生健康委员会颁发的，是从事中医康复理疗工作的必备证书，目前，国家卫生健康委员会下设多个部门，如中医药管理局、国家中医药管理局等，这些部门都可以颁发中医康复理疗师证，不同部门的证书在职业认可度上可能会有所不同，选择哪个部门发证好需要根据自己的实际情况来决定。

我们需要了解各个部门的发证标准和要求，中医药管理局颁发的中医康复理疗师证需要具备一定的理论知识和实践经验，并且需要通过国家中医药管理局组织的考试才能获得，而国家中医药管理局下属的一些机构也会颁发类似的证书，但是具体的要求可能会有所不同。

我们需要考虑自己所在地区的情况，不同地区的政策和规定可能会有所不同，有些地方可能更倾向于颁发某个部门的证书，而不是其他部门的证书，在选择发证部门时，最好先了解一下当地政策和规定。

我们还需要考虑职业发展的需求，如果想要在某个特定领域或地区发展，最好选择该领域或地区认可度较高的发证部门，这样可以提高自己在该领域或地区的竞争力和职业发展前景。

选择哪个部门发证好需要综合考虑多个因素，包括发证标准和要求、所在地区政策和规定以及职业发展需求等，希望我的回答能够帮到您！