1、人力资源和社会保障部：作为国家级政府部门，人力资源和社会保障部负责制定和发布中医药行业的相关政策、法规和标准，在中医全科理疗师证书的颁发方面，人社部会根据国家政策和行业需求，对培训机构进行资质审查，确保培训质量和效果，人社部还会对合格的学员进行资格认定，颁发中医全科理疗师证书。

2、国家卫生健康委员会：作为卫生健康行业的主管部门，国家卫生健康委员会负责制定和实施中医药事业发展规划，推动中医药事业改革发展，在中医全科理疗师证书的颁发方面，卫健委会与人社部密切合作，对培训机构进行监督和管理，确保证书的真实性和权威性，卫健委还会对中医全科理疗师的专业技能进行评估，提高行业整体水平。

3、中医药管理局：作为中医药行业的管理机构，中医药管理局负责制定和实施中医药管理政策，推动中医药事业发展，在中医全科理疗师证书的颁发方面，中医药管理局会与人社部、卫健委等部门密切合作，对培训机构进行资质审查和监督，确保证书的真实性和权威性，中医药管理局还会对中医全科理疗师的专业技能进行评估，提高行业整体水平。

4、各省、自治区、直辖市中医药管理部门：作为地方政府部门，各省、自治区、直辖市中医药管理部门负责本地区的中医药管理工作，包括中医全科理疗师证书的颁发，在中医全科理疗师证书的颁发方面，各地中医药管理部门会与人社部、卫健委等部门密切合作，对培训机构进行资质审查和监督，确保证书的真实性和权威性，各地中医药管理部门还会对中医全科理疗师的专业技能进行评估，提高行业整体水平。

5、行业协会和专业组织：为了规范中医全科理疗师行业的发展，一些行业协会和专业组织也会参与到中医全科理疗师证书的颁发工作中，这些组织会根据国家政策和行业需求，制定相关的认证标准和程序，对培训机构进行审核和监督，确保证书的真实性和权威性，这些组织还会为中医全科理疗师提供专业的培训和技术支持，提高行业整体水平。

中医全科理疗师证书的颁发主要由人力资源和社会保障部、国家卫生健康委员会、中医药管理局、各省、自治区、直辖市中医药管理部门以及行业协会和专业组织等多方共同负责，这些部门和组织共同努力，确保了中医全科理疗师证书的真实性和权威性，为中医药行业的发展提供了有力支持。