健康管理师证书发证机关是指负责管理和颁发健康管理师资格证书的政府部门或机构，健康管理师证书的发放主要由国家卫生健康委员会(现已更名为国家卫生健康委员会)和各省、自治区、直辖市卫生健康委员会负责，还有一些行业协会和专业机构也会颁发健康管理师证书，如中国健康促进会、中国保健协会等。

健康管理师证书的发放遵循严格的程序和标准，以确保证书的真实性和权威性，申请人需要参加由国家卫生健康委员会或相关行业协会组织的培训课程，学习健康管理的基本理论和实践技能，课程结束后，学员需要通过考核，获得相应的学分，学员需提交个人简历、身份证明、学历证明等材料，以便相关部门对其进行审核，经过审核合格的学员，可申请领取健康管理师证书。

在国际上，健康管理师证书的发证机关也有不同的设置，在美国，健康管理师证书通常由美国医学协会(AMA)或美国公共卫生协会(APHA)等专业组织颁发，这些组织会对申请人进行严格的资质审核，确保其具备从事健康管理工作的专业能力和素质。

健康管理师证书发证机关在各国和地区的设置可能有所不同，但其共同目的都是为了保障健康管理师的专业素质和能力，提高公众的健康水平，国家卫生健康委员会和各省、自治区、直辖市卫生健康委员会等机构负责健康管理师证书的发放工作，而其他行业协会和专业机构也会参与其中，共同推动健康管理事业的发展。