健康管理师证书发放机构是指负责颁发和管理健康管理师职业资格证书的政府部门或相关机构，健康管理师证书发放机构主要有以下几个：

1、中国卫生健康委员会(简称国家卫健委):国家卫健委是中华人民共和国国务院组成部门，负责全国卫生和健康工作的领导和管理，国家卫健委下设多个司局，其中之一就是职业卫生与健康教育司，负责职业技能鉴定工作，包括健康管理师证书的发放。

2、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会：各省、自治区、直辖市卫生健康委员会在国家卫健委的领导下，负责本行政区域内的卫生和健康工作，各地卫生健康委员会也会设置职业技能鉴定中心，负责本地区健康管理师证书的发放和管理。

3、行业协会和学会：有一些专门从事健康管理的行业协会和学会，如中国健康管理协会、中国公共卫生协会等，这些协会和学会在国家卫健委和各地卫生健康委员会的指导下，负责组织健康管理师的培训和考试工作，以及证书的发放。

4、企事业单位：一些企事业单位也会设立自己的健康管理师培训和考核机构，负责本单位员工的健康管理师培训和考试工作，通过培训和考试合格的员工，可以由企事业单位向相关部门申请颁发健康管理师证书。

5、其他专业培训机构：除了上述机构外，还有一些专业的培训机构，如医学院校、职业技术学校等，也会开展健康管理师的培训和考试工作，学员完成培训和考试后，可以向培训机构申请颁发健康管理师证书。

健康管理师证书发放机构主要包括国家卫生健康委员会及其下属的各级卫生健康委员会、行业协会和学会、企事业单位以及专业培训机构等，这些机构共同负责健康管理师职业资格证书的颁发和管理，确保健康管理师的专业素质和能力得到有效认可。