生殖健康管理师发证机构是指负责管理和监督生殖健康管理师职业资格认证的政府部门或专门的机构，生殖健康管理师发证主要由以下几个部门负责办理业务：

1、国家卫生健康委员会(简称国家卫健委):国家卫生健康委员会是中华人民共和国国务院组成部门之一，负责全国卫生和健康工作，国家卫健委下属的相关部门负责生殖健康管理师的职业资格认证工作，包括制定相关政策、法规和标准，组织实施考试等。

2、中国计划生育协会：中国计划生育协会是一个全国性的社会团体，致力于推动计划生育工作的开展，协会下属设有专门的生殖健康管理师培训和认证机构，负责组织生殖健康管理师的培训、考试和发证工作。

3、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会：各级卫生健康委员会在国家卫健委的指导下，负责本行政区域内的生殖健康管理师职业资格认证工作，各级卫生健康委员会下设的相关部门负责组织考试、审核报名材料、发放证书等工作。

4、各省级计划生育协会：各省、自治区、直辖市计划生育协会在各级卫生健康委员会的指导下，负责本行政区域内的生殖健康管理师培训和认证工作，各省级计划生育协会下设的培训中心负责组织培训课程、教材编写、师资队伍建设等工作。

5、社会培训机构：为了满足生殖健康管理师市场需求，一些社会培训机构也开展生殖健康管理师培训和认证工作，这些机构需要向国家卫健委、各级卫生健康委员会或计划生育协会申请备案，取得相应的资质后，方可开展培训和认证业务。

6、企事业单位：一些企事业单位为了提高员工的专业素质和服务水平，也会开展生殖健康管理师的培训和认证工作，这些单位需要向国家卫健委、各级卫生健康委员会或计划生育协会申请备案，取得相应的资质后，方可开展培训和认证业务。

生殖健康管理师发证机构涉及多个部门和机构，包括国家卫生健康委员会、中国计划生育协会、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会、各省级计划生育协会以及社会培训机构和企事业单位等，这些部门和机构共同参与生殖健康管理师职业资格认证工作，确保生殖健康管理师的专业素质和服务水平得到有效提升。