中国中医科学院(简称“中医院”)是中国最高医学研究机构和中医药教育、科研、医疗、预防、保健的综合性单位，其发的证书在卫生部门是否认可，主要取决于该证书的具体性质和用途。

我们需要了解的是，中国中医科学院作为国家级的科研机构，其发放的证书通常具有一定的权威性和专业性，这些证书可能包括但不限于：学位证书、职称证书、执业资格证书等，对于这些证书，卫生部门一般会给予认可，因为这些证书代表了持证人在中医领域的专业知识和技能，符合卫生部门对医务人员的基本要求。

需要注意的是，并非所有中国中医科学院发放的证书都能得到卫生部门的认可，一些非正式的培训课程或者未经授权的证书，可能会因为不符合卫生部门的相关规定而无法得到认可，即使是正规的证书，如果涉及到违法行为或者违反职业道德的行为，也可能会被卫生部门拒绝认可。

中国中医科学院发的证书是否能在卫生部门得到认可，主要取决于该证书的具体性质和用途，如果是正规的、与中医领域相关的证书，并且符合卫生部门的规定，那么一般可以得到认可，但具体情况还需根据实际情况进行判断，如果您有关于具体证书的问题，建议您咨询相关部门或专业人士以获取更准确的信息。