家庭教育指导师的认证主要由国家卫生健康委员会(原卫生部)和中国心理卫生协会进行，这两个机构都是在国家层面上负责制定和执行与健康和心理健康相关的政策、法规和标准的主要部门。

我们来看国家卫生健康委员会，作为中国的卫生健康行业的主管部门，国家卫生健康委员会负责制定并执行一系列关于公众健康、预防疾病、促进健康等方面的政策，在家庭教育指导方面，国家卫生健康委员会也会发布相关的规定和指南，为家庭教育指导师的工作提供指导。

中国心理卫生协会也是一个重要的权威机构，它是一个专业性、学术性和群众性的社会团体，旨在促进和发展中国的心理卫生事业，中国心理卫生协会的主要任务包括：组织和协调全国心理卫生工作，推动心理咨询和心理治疗的发展，提高公众心理健康水平等，在家庭教育指导师的认证过程中，中国心理卫生协会会根据一定的标准和程序，对申请人的专业能力、道德品质等进行评估。

具体的认证流程大致如下：

提交申请：需要向国家卫生健康委员会或中国心理卫生协会提交家庭教育指导师的认证申请。

资格审核：相关部门会对申请人的教育背景、工作经验、专业技能等进行审核。

面试评估：通过资格审核后，申请人可能需要接受一次面试，以进一步评估其专业能力和素质。

培训考核：申请人需要参加一定的培训课程，并通过考核，才能获得家庭教育指导师的认证。

需要注意的是，虽然有了这样的认证，但并不意味着所有的家庭教育指导师都能提供高质量的服务，家长在选择家庭教育指导师时，除了看其是否具有认证外，还应该考虑其专业经验、服务态度、收费标准等因素。