随着社会的发展和人们对心理健康的重视，心理咨询行业逐渐成为一个热门的职业领域，为了规范心理咨询师的行为，保障患者的权益，各国纷纷制定了相关法律法规，对心理咨询师进行资质认证，心理咨询师证书发证机关就是负责颁发这些证书的政府部门或机构。

心理咨询师证书发证机关主要由国家卫生健康委员会(原卫生部)、人力资源和社会保障部、国家市场监督管理总局等部门共同负责，这些部门会根据国家有关法律法规和政策，制定心理咨询师培训、考试、资质认证的具体规定，并授权指定的培训机构和考试机构进行实施。

国家卫生健康委员会(原卫生部)是负责制定心理咨询师培训政策的主要部门，根据《中华人民共和国预防医学法》和《中华人民共和国精神卫生法》，卫生健康部门负责组织制定心理咨询师的培训大纲、教材和培训计划，指导各级医疗卫生机构开展心理咨询师的培训工作，卫生健康部门还会定期组织心理咨询师的专业技能培训和学术交流活动，提高心理咨询师的专业水平。

人力资源和社会保障部是负责心理咨询师资质认证工作的部门，根据《中华人民共和国职业资格证书制度》，人力资源和社会保障部门负责组织实施心理咨询师的职业资格考试，对考试合格者颁发职业资格证书，资格证书分为三个等级：初级、中级和高级，分别对应不同的职业技能要求，持有相应等级资格证书的心理咨询师，方可在相关部门依法登记注册，从事心理咨询工作。

国家市场监督管理总局是负责心理咨询师培训机构和考试机构审批的部门，根据《中华人民共和国行政许可法》，市场监管总局负责审查心理咨询师培训机构和考试机构的资质条件，确保其具备合法合规的办学和考试资格，对于违规经营、虚假宣传或者考试作弊等行为的培训机构和考试机构，市场监管总局将依法予以查处。

心理咨询师证书发证机关在中国主要包括国家卫生健康委员会(原卫生部)、人力资源和社会保障部、国家市场监督管理总局等部门，这些部门分工明确，共同推动心理咨询行业的健康发展，为广大民众提供专业、高效的心理咨询服务。