中医养生指导师证书发证机关是指负责颁发中医养生指导师资格证书的政府部门或机构，中医养生指导师证书的发证机关主要有以下几个：

1、国家卫生健康委员会(原卫生部):国家卫生健康委员会是中华人民共和国国务院组成部门之一，负责全国卫生和健康事业的管理和监督，国家卫生健康委员会下设多个司局，其中包括中医药管理局，中医药管理局负责中医药事业的发展和管理，包括中医养生指导师的培训、考核和发证工作。

2、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会：各级卫生健康委员会在国家卫生健康委员会的领导下，负责本行政区域内的卫生和健康事业管理工作，各地卫生健康委员会可以根据本地实际情况，制定中医养生指导师的培训、考核和发证政策。

3、中医药行业协会：中国中医药学会、中华中医药学会等中医药行业协会，作为行业组织的代表，负责组织和推动中医药行业的学术交流、人才培养和业务发展，这些协会可以协助各级卫生健康委员会开展中医养生指导师的培训和考核工作，以及颁发证书。

4、中医药职业培训机构：为了提高中医养生指导师的专业素质和技能水平，各地政府和有关部门鼓励社会力量举办中医药职业培训机构，这些培训机构可以为有意向从事中医养生指导工作的人员提供专业的培训课程和实践机会，经过培训和考核合格后，由相关部门颁发中医养生指导师证书。

5、其他相关机构：除了以上几个主要的发证机关外，还有一些其他相关的机构也可能承担中医养生指导师证书的发放工作，一些中医药企业、医疗机构、科研院所等，可以根据自身的需求和条件，开展中医养生指导师的培训和考核工作，并颁发相应的证书。

中医养生指导师证书的发证机关主要包括国家卫生健康委员会、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会、中医药行业协会、中医药职业培训机构以及其他相关机构，这些发证机关共同负责中医养生指导师的培训、考核和发证工作，以确保中医养生指导师具备专业素质和技能水平，为广大人民群众提供优质的中医养生服务。