高级农艺师证书是由农业部门颁发的，主要是为了表彰在农业生产、科研、技术推广等方面做出突出贡献的农艺师，目前，国家对高级农艺师的认证和评定工作已经逐步规范化、制度化，各地农业部门也都有相应的评定标准和程序。

根据《中华人民共和国农业部关于印发〈高级农艺师职称评审办法〉的通知》(农人社发〔2017〕60号)规定，高级农艺师职称评审工作由省级以上农业主管部门负责组织实施，哪个部门颁发的高级农艺师证书更好，主要取决于当地的政策和实际情况。

高级农艺师证书的颁发需要经过以下步骤：

1. 申报：符合条件的人员可以向所在单位或当地农业主管部门提出申请；

2. 考核：申报人员需要参加相关考试或评审活动，并达到一定的成绩要求；

3. 审核：申报材料经过初审、复审等环节后，由主管部门进行审核；

4. 公示：审核通过的人员名单将进行公示，接受社会监督；

5. 颁发证书：最终确定的高级农艺师名单将由主管部门颁发证书。

至于哪个部门颁发的高级农艺师证书更好，可以从以下几个方面考虑：

可以参考当地政府对农业领域的重视程度和政策支持力度，如果当地政府高度重视农业发展，并出台了一系列有利于农业发展的政策措施，那么在当地农业主管部门颁发的高级农艺师证书可能更有含金量。

可以参考当地农业主管部门的专业水平和工作经验，不同地区的农业部门可能存在一定的差异，有些地方的农业主管部门可能更加专业化、经验丰富，能够更好地评估申请人的实际能力和业绩水平。

也可以参考其他申请人的选择和反馈意见，如果多数申请人都认为某个地方的高级农艺师证书更加权威、有价值，那么这个地方的证书可能更具代表性和可信度。

哪个部门颁发的高级农艺师证书更好并没有固定答案，需要根据具体情况进行综合考虑，无论选择哪个部门颁发的证书，最重要的是申请人自身的实际能力和业绩水平得到了充分的认可和肯定。