心理咨询师证书是由多个机构颁发的，其中包括国际心理治疗师协会、美国心理治疗师协会、欧洲心理治疗师协会等，心理咨询师证书主要由以下几个机构颁发：

1、中国心理卫生协会：中国心理卫生协会(CPA)是中国唯一的全国性专业性心理卫生组织，成立于1952年，它是中国心理学会的常务理事单位，也是中国科协的组成部分，中国心理卫生协会负责组织和协调全国心理卫生工作，制定心理卫生政策和法规，开展心理咨询师培训和认证工作。

2、中国心理学会：中国心理学会(CPS)是中国最具影响力的心理学学术组织之一，成立于1956年，它是中国科协的组成部分，也是中国心理卫生协会的常务理事单位，中国心理学会负责组织和协调全国心理学研究和教育工作，推动心理学学科的发展，支持心理咨询师培训和认证工作。

3、各省市心理卫生中心：各省市心理卫生中心是在各级政府领导下，专门从事心理健康服务和心理疾病预防、治疗工作的机构，它们负责组织和实施本地区的心理卫生工作，开展心理咨询师培训和认证工作，还有一些非政府组织和企事业单位也提供心理咨询师培训和认证服务。

4、国际认证机构：除了国内的颁发机构外，还有一些国际性的认证机构也提供心理咨询师证书，美国的全球职业资格认证局(NBCC)、英国的皇家科学院(RSA)等，这些机构通常要求学员参加相应的课程学习并通过考试，才能获得相应的心理咨询师证书。

心理咨询师证书是由多个机构共同颁发的，这些机构包括国内的专业组织、政府部门以及国际性的认证机构等，不同的机构可能有不同的课程设置、考试要求和发证标准，因此在选择培训机构时需要仔细比较各个机构的优势和特点，以便做出最适合自己的选择，需要注意的是，持有心理咨询师证书并不意味着具备了足够的专业知识和技能，真正的实践经验才是衡量一个心理咨询师能力的重要标准。