中医理疗师资格证的颁发部门主要有两个，分别是国家卫生健康委员会和中医药管理部门，这两个部门分别从不同的角度对中医理疗师进行管理和监督，确保中医理疗师的专业水平和服务质量。

国家卫生健康委员会(简称国家卫健委)是中华人民共和国国务院组成部门，主要负责全国卫生健康工作的领导和管理，国家卫健委下设多个局和司，负责不同领域的卫生健康工作，国家卫生健康委员会医政医管局负责全国医疗卫生行业的管理工作，包括中医理疗师资格证的颁发。

国家卫生健康委员会医政医管局会对中医理疗师进行严格的培训和考核，确保其具备相应的专业知识和技能，在通过培训和考核后，中医理疗师需要向国家卫生健康委员会医政医管局申请颁发中医理疗师资格证，国家卫生健康委员会医政医管局会对申请材料进行审核，确保申请人符合颁发资格证的条件，审核通过后，国家卫生健康委员会医政医管局会将中医理疗师资格证发给申请人。

除了国家卫生健康委员会，中医药管理部门也是中医理疗师资格证的颁发部门之一，中医药管理部门主要负责中医药的管理和发展工作，包括中医药教育、科研、临床、服务等方面的工作，中医药管理部门会对中医理疗师进行专业的培训和指导，提高其业务水平。

中医药管理部门会根据中医理疗师的实际情况，制定相应的培训计划和考核标准，在完成培训和考核后，中医理疗师需要向中医药管理部门申请颁发中医理疗师资格证，中医药管理部门会对申请材料进行审核，确保申请人符合颁发资格证的条件，审核通过后，中医药管理部门会将中医理疗师资格证发给申请人。

中医理疗师资格证的颁发部门主要有国家卫生健康委员会和中医药管理部门，这两个部门分别从不同的角度对中医理疗师进行管理和监督，确保中医理疗师的专业水平和服务质量，在今后的发展中，随着中医药事业的不断发展和完善，中医理疗师资格证的颁发和管理也将更加规范和科学。