三级心理咨询师证书是由中国国家人力资源和社会保障部颁发的，是国家对心理咨询专业人员的职业资格认证，三级心理咨询师证书的颁发机构主要有以下几个：

1、各省、自治区、直辖市人力资源社会保障厅(局):这些部门负责本辖区内的三级心理咨询师证书的颁发工作，在取得三级心理咨询师资格证书后，考生需要到所在省、自治区、直辖市的人力资源社会保障厅(局)进行证书的领取和备案。

2、国家卫生健康委员会：作为国家级卫生健康行政部门，国家卫生健康委员会也负责对三级心理咨询师证书的颁发和管理，在取得三级心理咨询师资格证书后，考生可以向国家卫生健康委员会申请备案。

3、中国心理学会：中国心理学会是中国心理学界的权威组织，负责对心理咨询师的专业培训和资格认证，在中国心理学会举办的心理咨询师培训班中，学员通过学习并完成相关课程后，可以获得三级心理咨询师证书，但需要注意的是，中国心理学会并非三级心理咨询师证书的颁发机构，而是一个培训和认证的平台。

4、其他专业培训机构：除了中国心理学会之外，还有一些专业的心理咨询培训机构也会提供三级心理咨询师证书的培训和考试，这些培训机构通常会与人力资源社会保障厅(局)或卫生健康委员会等相关部门合作，共同完成证书的颁发工作。

5、国际组织：随着全球化的发展，越来越多的国际组织开始关注心理健康领域，并提供相应的心理咨询师资格证书，美国心理治疗协会(APA)提供临床心理医生(LCPC)和婚姻家庭治疗师(MFT)等资格证书；英国皇家心理治疗师学院(IRCT)提供注册皇家心理治疗师(RMT)等资格证书，在取得这些国际组织的心理咨询师资格证书后，考生同样可以向所在国家的相关部门申请备案。

三级心理咨询师证书的颁发机构主要有两个方面：一是国内的人力资源社会保障厅(局)和卫生健康委员会；二是国际上的专业组织和培训机构，考生可以根据自己的实际情况选择合适的颁发机构进行证书的领取和备案，建议考生在选择培训机构时，要充分了解其师资力量、教学质量和服务质量等方面的信息，以确保自己能够获得高质量的培训和认证服务。