中医全科理疗师证书是国家卫生健康委员会颁发的职业资格证书，主要针对全科医生和相关医学专业人员，该证书的主要培训内容包括中医基本理论、中医诊断、中医治疗、中药学、针灸推拿学等方面的知识，在这些课程中，针灸推拿学是非常重要的一部分，因此可以说中医全科理疗师证书是可以进行针灸治疗的。

需要注意的是，虽然中医全科理疗师证书可以进行针灸治疗，但这并不意味着所有的中医全科理疗师都具备高级的针灸技能，根据《中华人民共和国执业医师法》的规定，从事中医诊疗活动的医师需要具备相应的专业技术职务资格和执业经验，如果您想要成为一名具有高级针灸技能的中医全科理疗师，还需要通过更高级别的考试或者接受更长时间的专业培训。

中医全科理疗师证书可以进行针灸治疗，但需要根据自己的实际情况选择适合自己的发展方向，如果您对中医感兴趣并且希望在这个领域发挥自己的才能，那么学习中医理论和实践技能是非常有必要的，也要注意遵守相关的法律法规和职业道德规范，为患者提供安全、有效的医疗服务。