风水堪舆师证书，是由中国民间对风水学的传承和发扬，以及对堪舆术的研究和实践所形成的一种专业技能认证，这种证书的发放机构，主要有以下几种：

1、中华全国风水协会：中华全国风水协会是中国最具权威的风水学术组织，成立于1993年，该协会负责组织和开展全国性的风水学术研究、交流和培训活动，对于风水堪舆师的资质认证具有很高的权威性，在中华全国风水协会颁发的风水堪舆师证书，是业内公认的最高荣誉。

2、中国地理学会：中国地理学会是一个致力于地理科学研究和发展的专业组织，其宗旨是推动地理科学的发展，促进地理知识的传播和应用，在中国地理学会举办的风水堪舆师培训班上，学员通过考试合格后，可以获得由该学会颁发的风水堪舆师证书。

3、中国建筑学会：中国建筑学会是一个关注建筑设计、建筑技术和管理的专业组织，其主要任务是推动建筑科学技术的发展，提高建筑质量和水平，在中国建筑学会举办的风水堪舆师培训班上，学员通过考试合格后，可以获得由该学会颁发的风水堪舆师证书。

4、其他民间机构：除了以上几个具有较高权威性的机构外，还有一些民间风水堪舆师培训机构，如某某风水学院、某某风水研究所等，这些机构通常会邀请有经验的风水堪舆师进行授课，学员在完成一定的学习任务并通过考试后，可以获得相应的风水堪舆师证书。

5、国际风水协会：随着全球化的发展，越来越多的外国人对中国传统文化产生了浓厚的兴趣，其中包括风水学，为了满足国际市场的需求，一些国际性的风水协会也开始颁发风水堪舆师证书，美国国际风水协会(USIFA)就是一家专门从事国际风水培训和认证的机构。

风水堪舆师证书的发放机构有很多种，包括国家级学术组织、地方性学术组织、民间培训机构以及国际性风水协会等，不同的机构颁发的证书可能在权威性和认可度上有所差异，但只要是通过正规途径学习和考试合格的，都可以作为证明个人具备一定风水堪舆技能的有效凭证。