仓库管理员资格证书发证机关是指负责颁发仓库管理员资格证书的政府部门或机构，仓库管理员资格证书的发放主要由国家人力资源和社会保障部、各省市人力资源和社会保障局以及行业协会等单位负责。

国家人力资源和社会保障部是全国范围内负责仓库管理员资格证书发放的主管部门，其主要职责包括制定仓库管理员职业技能标准、组织开展仓库管理员职业技能培训和考核工作、组织实施仓库管理员职业资格认证等工作，在国家人力资源和社会保障部的指导下，各省市人力资源和社会保障局负责本行政区域内的仓库管理员资格证书发放工作。

各省市人力资源和社会保障局是地方层面负责仓库管理员资格证书发放的主管部门，其主要职责包括贯彻执行国家和省级有关仓库管理员职业发展的政策、法规和规划；组织本行政区域内的仓库管理员职业技能培训和考核工作；负责本行政区域内仓库管理员职业资格认证的受理、审核和发放工作；对本行政区域内仓库管理员职业发展工作进行监督和指导等。

行业协会作为行业自律组织，也参与到仓库管理员资格证书的发放工作中，中国物流与采购联合会、中国仓储协会等行业协会，负责组织和推动行业内仓库管理员的职业技能培训和考核工作，协助人力资源和社会保障部门开展仓库管理员职业资格认证工作。

在仓库管理员资格证书的发放过程中，发证机关会对申请人的报名材料进行审核，确保申请人符合报考条件，考试合格后，发证机关会为申请人颁发仓库管理员资格证书，证书上注明持证人的姓名、身份证号、考试成绩等信息，持有仓库管理员资格证书的人员，可以在求职、晋升等方面获得一定的优势。

仓库管理员资格证书发证机关主要包括国家人力资源和社会保障部、各省市人力资源和社会保障局以及行业协会等单位，这些单位共同负责仓库管理员资格证书的发放工作，确保仓库管理员具备一定的专业技能和素质，为社会经济发展提供有力支持。