心理咨询师证书是由多个部门发放的，包括国家卫生健康委员会、人力资源和社会保障部、中国心理卫生协会等，国家卫生健康委员会是最主要的发放机构之一，其颁发的证书具有最高的权威性和认可度。

国家卫生健康委员会是负责制定和实施我国心理健康工作政策、法规和标准的重要部门，根据《中华人民共和国精神卫生法》等相关法律法规的规定，国家卫生健康委员会负责对心理咨询师进行资格认定和职业资格审核，并颁发相应的证书。

人力资源和社会保障部也是心理咨询师证书的主要发放机构之一，该部门负责管理和监督全国范围内的职业资格证书颁发工作，包括心理咨询师证书在内，在职业资格证书颁发方面，人力资源和社会保障部与国家卫生健康委员会有着密切的合作关系，共同推动我国心理咨询行业的发展。

中国心理卫生协会也是一个重要的发放机构，作为我国心理学领域的权威组织之一，中国心理卫生协会负责组织和开展各种心理学研究、教育和培训活动，同时也承担着心理咨询师职业资格认证的工作，通过中国心理卫生协会颁发的心理咨询师证书，可以证明持证人员具备一定的心理学知识和技能，并且符合相关的职业要求。

心理咨询师证书的发放涉及到多个部门和机构，其中以国家卫生健康委员会为主要的颁发机构，持有由国家卫生健康委员会颁发的心理咨询师证书的人员具有较高的专业水平和信誉度，能够在市场上获得更好的就业机会和发展空间，不同部门和机构颁发的心理咨询师证书在法律效力和认可度上基本相同，因此在选择时可以根据个人实际情况进行综合考虑。