心理咨询师证书是由多个权威机构颁发的，包括但不限于美国心理治疗协会(APA)、欧洲心理治疗协会(EPT)、国际心理治疗联盟(IPTS)等，心理咨询师证书主要由以下几个机构颁发：

1、中国心理卫生协会(CPA)

中国心理卫生协会是一个全国性的专业性社会团体，成立于1953年，它是中国心理卫生事业的领导机构之一，负责组织和推动心理卫生工作的发展，中国心理卫生协会设有心理咨询师专业委员会，负责组织和实施心理咨询师的培训、考试和认证工作。

2、中国心理学会(CPA)

中国心理学会是一个全国性的专业性社会团体，成立于1956年，它是中国心理学事业的领导机构之一，负责组织和推动心理学工作的发展，中国心理学会设有心理咨询与治疗专业委员会，负责组织和实施心理咨询师的培训、考试和认证工作。

3、各省、自治区、直辖市心理咨询师培训基地

为了规范心理咨询行业的发展，中国政府设立了各省、自治区、直辖市心理咨询师培训基地，这些基地通常由当地的心理咨询师培训机构或高校承担，负责组织和实施心理咨询师的培训、考试和认证工作。

4、其他国际认证机构

除了上述国内机构外，还有一些国际知名的心理咨询师认证机构，如美国临床催眠治疗师协会(ACGFT)、美国婚姻家庭治疗师协会(AMFT)等，这些机构在中国设有分支机构，可以为中国的心理咨询师提供国际化的认证服务。

心理咨询师证书的颁发机构有很多，包括国内外的专业性社会团体、政府部门以及专业的培训机构等，这些机构共同构成了一个完善的心理咨询师认证体系，为广大有志于从事心理咨询工作的人士提供了权威、专业的认证服务。