心理咨询师证书机构有很多，以下是一些常见的机构：

1、中科院心理所：中科院心理所是国内最早设立的心理学研究机构之一，也是国内最具权威的心理学研究机构之一，中科院心理所开设了心理咨询师(高级)培训课程，该课程由中国科学院心理研究所教授授课，课程设置科学合理，内容丰富，深受学员好评。

2、北京师范大学：北京师范大学是国内著名的高等学府之一，也是国内最具影响力的心理学研究机构之一，北师大心理学院开设了心理咨询师(中级)培训课程，该课程由北师大心理学院教授授课，课程设置科学合理，内容丰富，深受学员好评。

3、上海交通大学：上海交通大学是国内著名的高等学府之一，也是国内最具影响力的心理学研究机构之一，交大医学院附属精神卫生中心开设了心理咨询师(中级)培训课程，该课程由交大医学院附属精神卫生中心主任授课，课程设置科学合理，内容丰富，深受学员好评。

4、中国社会科学院：中国社会科学院是国内著名的社会科学研究机构之一，也是国内最具影响力的心理学研究机构之一，社科院心理所开设了心理咨询师(中级)培训课程，该课程由社科院心理所所长授课，课程设置科学合理，内容丰富，深受学员好评。

5、其他机构：除了以上几个机构外还有很多其他机构也开设了心理咨询师证书培训课程，例如北京大学、清华大学、复旦大学、南京大学等高校都开设了相关课程，此外还有一些培训机构也会开设相关课程。