高级农艺师发证机关是中华人民共和国农业部，农业部是中国政府的一个部门，负责全国农业生产、农村经济和农民生活的管理和监督，农业部下属设有多个司局，其中包括种植业管理局、畜牧业管理局、渔业管理局等，这些管理局负责制定和实施各种农业政策、法规和标准，以促进农业的可持续发展。

高级农艺师是农业领域的一种专业职称，是对具有较高农业技术水平和管理能力的农艺人员的认可和表彰，高级农艺师发证机关为农业部，这意味着只有经过农业部认定并符合相关条件的农艺人员才能获得高级农艺师职称。

高级农艺师发证的程序一般包括以下几个步骤：

1. 申请人提交申请材料：申请人需要向所在单位或所在地区农业部门提交书面申请材料，包括个人简历、学历证书、职称证书、工作业绩等。

2. 审核评估：农业部门对申请人提交的材料进行审核评估，包括对申请人的资历、工作经历、业绩等进行核实和评价。

3. 考试评审：通过审核评估的申请人需要参加高级农艺师职称考试，考试内容包括专业知识、实践技能、管理能力等方面，考试成绩达到一定标准的申请人可以进入评审环节。

4. 综合评定：农业部门根据申请人的考试成绩、工作业绩、学术成果等综合因素进行评定，最终确定是否授予高级农艺师职称。

高级农艺师职称的获得对于提高农艺人员的专业水平和社会地位具有重要意义，持有高级农艺师职称的人员可以在农业领域内担任更高层次的管理职务，参与制定行业标准和技术规范，指导农民科学种植、养殖等方面的工作，推动农业现代化进程，高级农艺师职称也是衡量一个地区农业发展水平的重要指标之一。