心理咨询师证书的发放机构有很多，其中包括中国国家人事部、中国心理卫生协会、各大高校等，心理咨询师证书的发放主要由以下几个部门负责：

1、中国国家人事部：中国国家人事部是负责全国人力资源和社会保障工作的政府部门，其下属的职业资格考试中心负责组织和管理各类职业资格考试，包括心理咨询师证书的考试和发放。

2、中国心理卫生协会：中国心理卫生协会是一个专业性很强的社会组织，其宗旨是促进心理卫生事业的发展，该协会下设多个专业委员会，其中就包括心理咨询师专业委员会，该专业委员会负责制定心理咨询师培训大纲、组织培训、考核等工作，并对合格的学员颁发心理咨询师证书。

3、各大高校：随着心理健康教育的普及，越来越多的高校开始开设心理咨询课程或相关专业，这些高校通常会与国内外知名的心理咨询机构合作，共同开展心理咨询师培训工作，学员完成培训后，可以获得由合作机构颁发的心理咨询师证书。

4、国际认证机构：除了国内的心理咨询师证书外，还有一些国际认证机构也提供心理咨询师证书，例如美国心理学会(APA)颁发的“临床心理学家”(Licensed Clinical Psychologist)证书，以及英国皇家心理治疗学院(Royal College of Psychologists)颁发的“注册心理治疗师”(Registered Psychotherapist)证书等，这些国际认证机构的证书在国际上具有较高的认可度，但在国内则需要通过相应的考试和实践经验积累才能获得。

5、其他机构：除了上述几个主要的发放机构外，还有一些其他的机构也会发放心理咨询师证书，例如一些专门从事职业技能培训的机构、社会团体等，这些机构通常会与上述几个主要的发放机构合作，为学员提供多种选择。

心理咨询师证书的发放机构有很多，不同的机构可能有不同的认证标准和培训方式，在选择报考心理咨询师证书时，建议考生充分了解各个机构的情况，选择适合自己的培训机构和证书类型，考生还需具备一定的心理学基础知识和实践经验，以确保能够胜任心理咨询师的工作。