中医康复理疗师证是一门涉及中医、康复学、物理疗法等多学科知识的专业技能证书，在选择报考部门时，需要根据自己的兴趣和实际情况来决定，以下是一些建议供您参考：

1、国家中医药管理局：国家中医药管理局是国家级的中医药管理部门，负责全国中医药事业的发展规划、政策制定和监督管理，在这里学习，可以获得较为系统的中医康复理疗理论知识和实践技能培训，同时还能接触到行业内的权威专家和丰富的实践经验，由于国家中医药管理局的考试难度较大，需要具备较高的综合素质和专业基础。

2、各省市中医药管理局：各省市中医药管理局主要负责本地区的中医药管理工作，包括中医康复理疗师的培训、考试和资格认证，在这里学习，可以更好地了解地方性的中医康复理疗需求和发展趋势，同时还能获得一定的实践机会，由于各地的考试标准和内容可能有所不同，需要具体咨询当地的中医药管理局。

3、中医药大学：中医药大学是我国最早设立的中医药教育机构，拥有丰富的教学资源和优秀的师资队伍，在这里学习，可以系统地学习中医康复理疗的理论知识和实践技能，同时还能结识志同道合的同学和导师，中医药大学的教学重点通常偏向于理论课程，实践环节可能相对较少。

4、职业技术学校：职业技术学校是为了培养具有一定职业技能的人才而设立的教育机构，在这里学习，可以将中医康复理疗的理论知识与实际操作相结合，更加注重实践能力的培养，职业技术学校的学费相对较低，适合家庭经济条件一般的学生报考，职业技术学校的教学质量和就业情况可能因地区和学校而异。

5、民办培训机构：随着人们对健康的需求不断提高，民办培训机构纷纷开设了中医康复理疗相关课程，在这里学习，可以根据自己的时间和经济状况灵活安排学习进度，同时还能接触到不同类型的教学方法和案例，民办培训机构的师资力量和教学质量参差不齐，需要慎重选择。

在选择报考中医康复理疗师证的部门时，需要综合考虑自己的兴趣、实际情况和发展前景，建议您先了解一下各个部门的课程设置、教学质量和就业情况，再根据自己的需求做出选择，无论选择哪个部门，都需要付出足够的努力和时间，才能顺利通过考试并获得中医康复理疗师证，祝您学业有成！